La especialidad inició formalmente el 1 de marzo de 2005, tras la aprobación del Examen Nacional de Aspirantes a Residencias Médicas (ENARM), en el marco de la NOM-090-SSA1-1994 sobre la organización y funcionamiento de los servicios de salud. Su creación respondió a la necesidad de fortalecer los servicios de primer nivel con profesionales que tuvieran una visión integradora, resolutiva y coordinadora del cuidado, especialmente en comunidades rurales y marginadas del país.

Fue desarrollada bajo la dirección del entonces Secretario de Salud, Dr. Julio Frenk Mora, como parte de una reforma estructural del sistema nacional de salud. El diseño académico de la residencia se estructuró bajo el Programa Universitario de Especialización en Medicina Integrada, con una duración de dos años, basado en competencias y con fuerte énfasis en el Modelo Integrador de Atención a la Salud (MIDAS). Este modelo proponía una lógica centrada en el paciente, orientada a resultados en salud, sustentada en el trabajo comunitario, la continuidad del cuidado, la medicina basada en evidencia y la gestión de servicios.

Desde su inicio, la especialidad ha sido respaldada por universidades públicas como la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM), la Universidad Veracruzana, la Universidad de Guadalajara y la Universidad Autónoma Benito Juárez de Oaxaca, entre otras, así como por instituciones formadoras como el Instituto de Salud del Estado de México, los Servicios de Salud de Oaxaca, el Instituto Nacional de Salud Pública entre otras.